Суперкомпьютер Ломосонов поможет в поиске лекарства от коронавируса
Для многих болезней определены белки, которые отвечают за развитие патологий. «Докинг, как и другие методы молекулярного моделирования, основан на описании взаимодействия белков-мишеней и низкомолекулярных молекул будущих лекарств, которые блокируют работу этих белков. И если мы заблокируем работу такого белка-мишени с помощью молекулы, которая избирательно свяжется с ним в его активном центре, то развитие болезни приостановится», — пояснил заведующий лабораторией вычислительных систем и прикладных технологий программирования НИВЦ МГУ Владимир Сулимов. Это могут быть вирусные белки, отвечающие за размножение вируса в организме или собственные белки человека, которые работают неправильно.
Для этого они задействовали суперкомпьютер «Ломоносов» под вычисления по технологиям молекулярного моделирования и докинга (метода моделирования молекул, предсказывающего наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и конформацию одной молекулы в центре связывания другой и дающего оценку энергии связывания этих молекул друг с другом). Специалисты лаборатории вычислительных систем и прикладных технологий программирования НИВЦ МГУ включились в работу по созданию лекарства от коронавируса.
И. Научную группу НИВЦ МГУ, результаты работы которой будут проверять экспериментально в лаборатории противовирусных и дезинфекционных средств Института вирусологии имени Д. Ивановского, вошли ведущий программист Алексей Сулимов, программист Данил Кутов, аспирантка кафедры медицинской физики физического факультета МГУ Анна Тащилова и аспирант факультета фундаментальной медицины МГУ Иван Ильин.
Предварительный докинг молекул, закристаллизованных вместе с этим белком, позволил определить особенности активного центра этого белка и выбрать одну модель белка-мишени, которую и задействуют для следующего докинга большого количества соединений. В настоящее время учёные уже проанализировали структуру вируса, нашли белки-мишени, на которые можно воздействовать лекарствами, а после того, как был выбран один конкретный белок, изучена его пространственная структура и комплексы с разными ингибиторами открытой базы Protein Data Bank, создали модель для докинга. Уже из них потом будут искать молекулы, наиболее сильно связывающихся с белком-мишенью.
Дата публикации: 08.04.2020
Ещё новости
27.08.2022 Это стало полной неожиданностью. Марсоход Perseverance обнаружил на дне бывшего озера магматические породы
По словам Фарли, происхождение магматических пород Езеро остается загадкой, поскольку в кратере или рядом с ним нет явных вулканических образований. «Мы были очень рады найти магматические породы», — ...
27.08.2022 Полиция задержала жительницу Австралии в ее день рождения — ей исполнилось 100 лет
Но к тому же она была и мечтательницей, и десятилетиями желала быть арестованной правоохранительными органами. Жительница Австралии Джин Бикентон всю свою (очень долгую) жизнь была сознательной и зако...
27.08.2022 Россияне стали меньше платить за смартфоны и ноутбуки. Снижение среднего чека связано с выгодными ценами и расширением ассортимент доступных моделей
Эти данные содержаться в исследовании аналитического ресурса «Чек Индекс»: эксперты сравнивали данные, собранные с 1 по 20 августа этого и прошлого годов. Средний чек россиян на покупку смартфонов ока...
27.08.2022 Две карты SIM, экран 2K, четыре динамика и поддержка Widevine L1. Представлен планшет Chuwi HiPad Max
В основе устройства лежит SoC Snapdragon 680, то есть поддержки 5G тут нет. Новинка стоит 400 долларов, хотя первые пару дней после старта продаж её можно было купить всего за 200 долларов. Экран диаг...
27.08.2022 Флагманы Samsung получат Android 13 и One UI 5.0 уже совсем скоро. Релиз финальной версии ПО ожидается в октябре
Первоначально обновление станет доступно для флагманских аппаратов линейки Galaxy S22. Источник говорит, что релиз может состояться 17 либо 19 октября. На данный момент One UI 5.0 доступна на неко...
Все новости